Das "Gymnasium trilingue" (Latein, Griechisch, Hebräisch) wird vom dänischen König Friedrich II. aufgrund der Stiftung des Franziskanermönches Lütke Namens gegründet.
Die Schule unterrichtet durchschnittlich fünfzig bis einhundert Jungen in fünf bis sechs Klassen. Zuständig sind seinerzeit fünf bis sechs Lehrer. Es wird die heute aus etwa 60000 Bänden bestehende Bibliothek gegründet. Nebenher ist die Schule in die komplizierte Geschichte und den Sprachenstreit der Herzogtümer Schleswig und Holstein verwickelt.
Ein Realzweig mit kürzerer Schuldauer, modernen Fremdsprachen und Naturwissenschaften wird eingerichtet. Die Schülerzahl steigt auf dreihundertfünfzig, die der Lehrer auf ungefähr zwanzig.
Schleswig-Holstein wird preußische Provinz. An unserer Schule wird die Zweigliederung, also altsprachliches Gymnasium und modernes Realgymnasium, beibehalten.
Das imposante Gebäude mit dem Turm wird auf der westlichen Höhe errichtet.
Neben Jungen dürfen jetzt auch Mädchen am Alten Gym unterrichtet werden.
Das Kurssystem hält Einzug am Alten Gymnasium; es wird nicht länger ausschließlich im Klassenverband gelernt.
Das Alte Gymnasium ist die einzige Schule in Flensburg, an der Latein erste Fremdsprache sein kann. Damals als reine Jungenschule gegründet, hat die Schule heute bei einer Gesamtzahl von über neunhundert mehr Schülerinnen als Schüler. Dem Gründer der Schule ist der "Lütke-Namens-Saal" gewidmet, der als Mehrzweckhalle für Klausuren, Versammlungen und Konzerte genutzt werden kann.